As cartas que eu uso nos decks contam na minha coleção?

Não. A carta que você separa para um deck sai da coleção e passa a contar só no deck, para a mesma carta não contar duas vezes: enquanto está separada, ela não entra no valor da coleção nem aparece para vender ou trocar. Abra o deck em Coleção, Decks: quando uma carta que falta está na sua coleção, aparece o aviso com o botão "Separar", que mostra as versões que você tem de cada carta e deixa escolher quantas de cada uma vão antes de mover. Comprou ou ganhou uma carta direto para o deck? Toque nela e use "Comprei uma fora da coleção". Para desmontar, use "Devolver para a coleção" na carta ou "Devolver as cartas para a coleção" no menu do deck. Tirar a carta da lista ou excluir o deck também devolve as cartas separadas, com o preço que você pagou e as anotações.